Todos los seres vivos tienen características en común, pero a medida que los estudiamos con más detalle podemos observar lo que los hace diferentes unos de otros. Existen características tan evidentes y observables que permitieron sentar las bases de la taxonomía clásica y que sin entrar en mucho detalle nos permite tener reconstrucciones evolutivas en las que podemos posicionar, clasificar a casi cualquier organismo.

Esta clasificación puede tornarse un tanto compleja, cuando no solo consideraremos las características observables, sino también las moleculares. Existen marcadores moleculares como los 18 y 16s ribosomales, algo así como huellas de nuestro pasado compartido con nuestro último ancestro común y a medida que los organismos divergen estas huellas se hacen cada vez más parecidas a los congéneres cercanos.

Hasta hace unos años esta forma de clasificación resultó ser útil tanto para clasificar como para identificar organismos, llegando a niveles taxonómicos que van desde dominio celular hasta especie, donde esté es el “límite”. En algunos casos llegar hasta especie puede ser difícil y se consideran otras características, entre los que destaca un análisis de 16s ribosomal que definiría hasta género, y en muchos casos esta es la única forma de clasificar, para el caso de bacterias no cultivables.

Ahora bien, con los avances en los métodos de secuenciación masiva contamos con miles de genomas de los tres dominios celulares, (Eucarya, Bacteria y Arquea) y actualmente se pueden incluir más de un marcador molecular para su identificación y clasificación, incluso comparar entre genomas completos. Los análisis moleculares y bioinformáticos han permitido realizar reclasificaciones de organismos y posicionarlos en el clado al que pertenecen filogenéticamente, así como entender su historia evolutiva, que estaría influenciada por su contexto ambiental, es decir donde se han aislado y entender esto puede convertirse en un camino agreste en el que existen múltiples variables que tornan complicada la clasificación, tales como los eventos de transferencia horizontal, plásmidos, islas de patogenicidad entre otros.

Y hablando específicamente de la clasificación de bacterias, todos estos son factores que debemos considerar a la hora de clasificar a una bacteria, sin dejar de lado las características fenotípicas, como morfología de la colonia y pruebas bioquímicas. Existen muchos ejemplos de cómo una especie de bacteria es renombrada o cambiada de grupo taxonómico, gracias a caracterizaciones moleculares, filogenéticas y análisis bioinformáticos.

Figura 1. Diversidad bacteriana asociada al género Burkholderia.

 

Tal es el caso del género Burkholderia, que fue aislada a mediados de los años 40’s y que afectaron a plantíos de cebolla en New York. Inicialmente y con un enfoque de taxonomía clásica, se determinó que pertenecía al género de Pseudomonas y la especie cepacia, debido a que se aisló de Allium cepa (la cebolla). Por muchos años esta bacteria que fue aislada infectando otro tipo de plantíos fue conocida por P. cepacia, en 1973 Palleroni y colaboradores, mediante técnicas de hibridación de ADN colocan a P. cepacia dentro del grupo II de Pseudomonas junto con P. solanacearum y otras, ya que presentaban diferencias a las que llamaron biotipos. En 1992 Yabuuchi y col. Proponen mover siete especies del grupo II de Pseudomonas basados en el análisis de 16s ribosomal a un nuevo género, Burkholderia, en honor a Walter H. Burkholder. Cuatro años después este cambio fue aceptado y queda formalmente separado el grupo II de Pseudomonas en un nuevo género que pertenece al grupo beta de las proteobacterias, junto con otros patógenos de plantas.

Pero la historia, aún no termina, en los años siguientes se identificaron numerosas bacterias que fueron clasificadas dentro del género Burkholderia, muchas de ellas fueron aislados de diferentes cultivos de interés humano, como arroz, maíz, flores como gladiolas y muchas más,  incluso se identificaron especies de Burkholderia que infectan animales incluidos el humano, tal es el caso de B. mallei y B. pseudomallei (Ussery et al 2009).

Pero bueno, no todas las Burkholderias son dañinas, ya que algunas especies pueden ser utilizadas como biorremediadores, biopesticidas o como factores de crecimiento o biofertilizantes. En los últimos años el número de especies que componen al género Burkholderia ha ido en aumento, y recientemente se ha dificido en dos grupos a los que llaman grupo A y B, donde en el grupo B se encuentran la mayoría de las patógenas y en el grupo A a las que llamaremos ambientales.

Ya para el 2014 mediante un análisis de 16s  y de CSI (por sus siglas en inglés conserved sequence insertions or deletions), se divide al género Burkholderia en dos, uno donde se encuentran las que pertenecen al grupo de las Bcc (Burkholderia cepacia complex, patógenas en su mayoría) y Paraburkholderia.

Y ya entrados en seguir con el análisis filogenético en los dos últimos años este género ha sido objeto de más divisiones, ahora en un nuevo género llamado Caballeronia (propuesto por Dobritsa y Samadpou, 2016) y en este año Beukes y col. en un análisis de diferentes secuencias de proteínas conservadas logran separar al género en Burkholderia, Parabukholderia, Caballeronia y Robbsia y un nuevo linaje para P. rhizoxinica que no puede ser agrupada dentro de ninguno de los anteriores. ¿Será que se ha llegado al límite de separación y reclasificación?

Finalmente, aún nos queda mucho por explorar en el mundo de las bacterias, así como mucho que clasificar y con las nuevas tecnologías que surgen día a día podremos identificar nuevos géneros o estandarizar la clasificación bacteriana, que constantemente está cambiando.

Referencias asociadas

Dobritsa AP, Samadpour M. 2016. Transfer of eleven species of the genus Burkholderia to the genus Paraburkholderia and proposal of Caballeronia gen. nov. to accommodate twelve species of the genera Burkholderia and Paraburkholderia. Int J Syst Evol Microbiol. 66:2836-46

Ussery DW, Kiil K, Lagesen K, Sicheritz-Pontén T, Bohlin J, Wassenaar TM. 2009. The Genus Burkholderia: Analysis of 56 Genomic Sequences. de Reuse H, Bereswill S (eds): Microbial Pathogenomics. Genome Dyn. Basel, Karger, 2009, vol 6, pp 140–157