“Una revista de Arqueología Mexicana decía que la parte innata del ser humano es clasificar, identificar lo que nos rodea. La Biología es precisamente eso, y en clasificar se basa nuestra vida para entender el mundo”, afirma el Dr. Ernesto Pérez Rueda, investigador del Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas (IIMAS), con sede en el Parque Científico Tecnológico de Yucatán, quien brindó parte de su tiempo para platicar con Quiu acerca de su trabajo.
“Lo que hacemos es identificar: el metabolismo tiene estas características, las proteínas tienen estas otras… La Biología en general se basa en eso, es clasificar y encontrar grupos que se comportan igual”, agrega.
Biólogo de formación, el Dr. Pérez Rueda cuenta que gracias a una serie de accidentes afortunados y tras abandonar sus aspiraciones para estudiar Comunicación, llegó casi por casualidad con el Dr. Julio Collado Vides, uno de los pioneros de la Bioinformática en México, quien le mostró el campo de la Gramática Generativa.
¡Alto! Desde pequeños nos han enseñado que la Gramática son las reglas y componentes del lenguaje humano pero, ¿cuál es la relación entre la estructura y procesos biológicos? “En una oración podemos ver el sustantivo, el verbo y otros elementos; los puedes cambiar, pero usualmente siempre hay unos que van juntos, entonces, en Biología también tenemos elementos que siempre van unidos y podemos agruparlos de esa manera”, aclara el Dr. Pérez Rueda para entender esta relación entre dos disciplinas que tradicionalmente consideramos de dos mundos aparte.
Bioinformática
“Actualmente, me desarrollo en un campo que se llama Bioinformática y Genómica, también conocido como la cuarta bestia de la información”. El investigador explica que, en cuanto a cantidad de información disponible en Internet, en el primer lugar se encuentra la que se genera de la observación astronómica, le sigue lo que hay en el portal de YouTube, en tercer sitio lo que proviene de Twitter, y enseguida los datos de DNA, es decir, información sobre moléculas.
“En este panorama tienes dos formas de ver la investigación, y la Ciencia en general: que no tengas una pregunta a priori y te metas a ‘cazar mariposas’, encuentras una amarilla y te preguntas cómo pudo llegar aquí para luego establecer relaciones alrededor de este fenómeno; la otra es que tengas una pregunta biológica muy particular y dentro de todo ese universo de información te preguntes cómo puedo contestarla”.
El Dr. Ernesto Pérez afirma que el panorama descrito ha generado un cambio de paradigma en la Ciencia al grado que su desarrollo no dependa del método científico. “Ya es muy dinámico, tienes muchos datos y a veces no te da tiempo de hacerte una pregunta, ahora vas sobre los datos y generas una pregunta, generas una hipótesis…”.
Similitud entre Bacterias. Imagen Dr. Ernesto Pérez Rueda
Regulación de la Expresión genética
Parte del trabajo que desarrolla el Dr. Ernesto Pérez en el Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas (Yucatán) tiene que ver con entender cómo se regula la expresión de los genes en los microorganismos. “Nos interesa la parte de las proteínas, saber cuándo se prende y cuándo se apaga un gen”, y para entender mejor emplea el ejemplo de un policía que regula el tráfico.
“La proteína es la policía y dice ‘tú pasas ahora’, y en términos moleculares significa que un gen se está expresando; cuando te dice ‘detente’, es que el gen se está reprimiendo”. El investigador señala que le interesa identificar a todos los posibles “policías” que determinan si se prende o se apaga un gen en un genoma completo, desde el de una bacteria y todo el repertorio de genes que está asociado a ella, hasta el del ser humano.
Para realizar este trabajo emplea programas de cómputo que procesan cantidades enormes de información, “una proteína la puedes ver como una palabra, de hecho, es una palabra muy larga, sin espacios, que puede tener de 300 a 500 letras”, y agrega que “sabemos la parte que nos dice de dónde a dónde va una proteína, pero en muchos otros organismos esas partes de la palabra están escondidas, por ello trabajamos en métodos computacionales para meter estas proteínas en ‘bolsas’ que tengan que ver con mecanismos globales y mediante la comparación de comportamientos, ubicar en grupos, clasificarlas”.
El investigador explica que la otra pregunta que pretende resolver es cómo comparar el metabolismo entre diferentes organismos, para lo que analiza y compara las rutas metabólicas de las bacterias y los eucariotes. “Diseñamos métodos de comparación y podemos saber el metabolismo de la degradación de azúcares, de glucosa; podemos saber si se parece mucho con el metabolismo de la degradación de ácidos grasos. Nuevamente estamos comparando”.
El Dr. Pérez Rueda se desempeña en lo que se conoce como ciencia básica, sin embargo, no descarta que a mediano plazo pueda tener aplicación, por ejemplo, al desarrollar fármacos más precisos, que combatan un problema específico y evitar los efectos secundarios, como cuando tomamos cortisona para una dolencia del oído pero nuestro cuerpo experimenta la retención de líquidos, aumento de peso y alteración en los estados de ánimo.
Aunque el investigador cuenta con una amplia red de colaboradores alrededor del mundo con los que hacen desarrollo científico, enfatiza sobre la importancia de trabajar con jóvenes y por ello invita a quienes se interesen por temas relacionados con la Bioinformática a que se acerquen al Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas-UNAM, sede Mérida, para impulsar nuevos proyectos.
El Dr. Ernesto Pérez Rueda coordina con la M.C. Silvia Tenorio Salgado, la sección Detrás del Paper de Quiu, si deseas saber más de estos temas visita:
