Desde hace 15 años la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) tiene presencia en Yucatán a través de la Unidad Multidisciplinaria de Docencia e Investigación (UMDI-Sisal), y a partir del 2015 cuenta con instalaciones dentro del Parque Científico Tecnológico de Yucatán, donde tuvimos oportunidad de charlar con el Dr. Mario Alberto Martínez Núñez, biólogo abocado a la Bioinformática aplicada al estudio de microrganismos, cuya línea de investigación es la Microbiómica.   

“La Bioinformática toma herramientas de campos como Ciencias de la Computación, la Informática y las Matemáticas para contestar preguntas biológicas. En pocas palabras, es la utilización de herramientas computacionales para resolver las preguntas biológicas, y de manera específica las relacionadas con las bacterias”, explica el Dr. Mario Alberto.

A través de la Bioinformática, disciplina desarrollada a partir del avance en la secuenciación de biomoléculas como el ADN en 1977 por Fredric Sanger y posteriormente en el 2004 con las plataformas de secuenciación masiva, se pueden estudiar genes, proteínas, enfermedades y bacterias, sin necesidad de contar con los organismos pues basta con tener las secuencias de ADN o de proteínas, agrega el investigador. “Hacemos trabajo in silico, por eso del sílice que llevan los procesadores. Se le conoce así por contraposición al trabajo in vitro, o en laboratorio”.

En su caso, se dedica al análisis de comunidades bacterianas que viven en zonas costeras. “A través de secuenciación masiva o secuenciación de genomas, monitoreamos y evaluamos los estados ambientales de las zonas costeras. Comparamos ambientes contaminados con aquellos que están conservados”.

El trabajo que realiza el Dr. Martínez se enfoca en analizar las bacterias que viven en los sedimentos de ciénegas cercanas a Sisal, para lo cual es indispensable extraerles el ADN y posteriormente realizar su secuenciación. “Trabajamos con nucleótidos o proteínas, hablamos de millones de secuencias, por ello hacemos uso de herramientas computacionales pues hacerlo a mano sería prácticamente imposible”.  

La finalidad del proyecto del Dr. Martínez es identificar cuáles especies viven en los sedimentos de las ciénegas y cuáles son los genes que se “prenden” en esas comunidades, los cuales dependen del estímulo ambiental donde se desarrollan, pues los que han evolucionado en zonas contaminadas activan genes distintos a los que están en zonas conservadas, agrega el investigador.

Agrega que entre los planes futuros está el desarrollar productos que deriven de la Biología Sintética. “Pensamos en biosensores, como una bacteria modificada, que pongamos en un dispositivo del tamaño de un USB para después soltarla en un cenote o al mar a que mida los niveles de otras bacterias patógenas o compuestos contaminantes, y cuando alcance cierto nivel produzca una señal biológica, traducirla a una señal analógica y ésta a su vez en una digital para que llegue una alarma al celular. Esto podría indicarnos el aumento en los niveles de patógenos, hidrocarburos o metales pesados, por ejemplo”.

 

De la Filosofía a la Bioinformática

 Siendo la Bioinformática un campo que apenas lleva un par de décadas en desarrollo, es de extrañar que investigadores jóvenes transiten por estos senderos. El Dr. Mario Alberto cuenta que en un principio le interesó la Filosofía, pero al trabajar en el Consejo Nacional de Fomento Educativo (CONAFE) hubo un hecho que cambió su perspectiva.

Narra que cuando salía a las comunidades de su natal Chiapas llevaba algunos libros para entretenerse en el tiempo libre y “por casualidad llegó a mis manos El orden biológico, de un autor francés que se llama André Lwoff, que habla sobre la Biología Molecular. Me asombró saber cómo una cosa tan minúscula puede estar detrás de todo lo que nos rodea y me impresionaba más porque en mis recorridos a la comunidad en la que debía trabajar atravesaba una zona montañosa. Veía toda la diversidad, y al leer ese libro, me impresionaba saber que el ADN estaba detrás de esos aromas, esos colores, esos sabores. Allí decidí cambiar por Biología”.

Su idea era enfocarse en la Biología Molecular, sin embargo, narra que también le llamaba la atención la programación de computadoras y por eso entró a un programa de becas de la UNAM para computo científico y de alto rendimiento mientras estaba en la licenciatura. Nuevamente un hecho afortunado marcó su rumbo cuando en una visita que realizó a Cuernavaca, Morelos, “me topé con el Instituto de Biotecnología de la UNAM y vi que era una opción. Me enteré que allí había algo que se llama Bioinformática y me interesó pues reunía las dos cosas que más me gustaban en ese momento”.

En Cuernavanca realizó su maestría y doctorado en Ciencias Bioquímicas, enfocado a la Bioinformática, posteriormente el posdoctorado lo desarrolló en el IIMAS de la Ciudad de México para más tarde pasar un año como Cátedra CONACYT en el Instituto Politécnico Nacional (IPN), en Tlaxcala, hasta que en el 2015 aplicó para incorporarse a la Facultad de Ciencias campus Yucatán, donde actualmente labora.  

Trabajo con los jóvenes

 Mientras realizábamos la entrevista en el cubículo del Dr. Martínez Núñez también estaba uno de sus estudiantes que parecía más interesado en escuchar cómo había llegado hasta allí su profesor que en revisar las secuenciaciones de ADN proyectadas en el monitor de su computadora portátil.

Precisamente un tema importante dentro de la Facultad de Ciencias de la UNAM campus Yucatán es la formación de nuevos talentos, “estamos en la mejor disposición de recibir jóvenes para que realicen su tesis de licenciatura o bien realicen un posgrado con nosotros, ya sea de maestría o doctorado”.

Otro ejemplo de la formación de cuadros de investigación es la colaboración que mantiene el Dr. Mario Alberto con otros colegas, pues forma parte del grupo de especialistas que participan en las Jornadas de Bioinformática y Ciencias Ómicas, que se realizan el tercer jueves de cada mes en las instalaciones del CINVESTAV Mérida y a donde acuden especialistas de disciplinas como la Genómica, Proteómica y por supuesto la Bioinformática. “Generamos el diálogo entre pares y para gente que le interese conocer. El común denominador es que utilicen herramientas informáticas o que trabajen con las Ciencias Ómicas”.